Историята на алтернативата, която не беше

На 7 януари вирусологът Леондиос Кострикис обяви по местна телевизия, че неговата изследователска група в Кипърския университет в Никозия е идентифицирала няколко генома на SARS-CoV-2, които включват елементи както на делта, така и на омикрон вариант.

Наречен „Делтакрон“, Кострикис и неговият екип качиха 25 от последователностите в популярното публично хранилище GISAID същата вечер и още 27 последователности няколко дни по-късно. На 8 януари финансовото издание на Bloomberg Историята се подхванаи Deltacron стана международна новина.

Отговорът на научната общност беше бърз. Няколко специалисти обявиха в социалните медии и пресата, че последователността 52 не показва нов вариант, нито е резултат от рекомбинация – генетично споделяне на информация – между вируси, а по-скоро може да е резултат от замърсяване в лабораторията.

„Няма такова нещо като #Deltacron,“ Крутика Кубали туитира, член на техническия екип по COVID-19 на Световната здравна организация, базиран в Медицинския университет на Южна Каролина в Чарлстън, януари. „#Omicron и #Delta не направиха страхотен вариант.“

Разпространение на дезинформация

Историята зад това как малка реколта от последователности на SARS-CoV-2 стана обект на кратък и интензивен научен дебат е сложна. И докато някои изследователи хвалят системата за бързото засичане на потенциална грешка в последователността, други предупреждават, че събитията от изминалата седмица може да предоставят предупредителна история за разпространението на дезинформация по време на пандемията.

Кострикис казва, че аспектите на първоначалната му хипотеза са били разбрани погрешно и че – въпреки объркващото име, което някои медии са приели да означават, че последователностите са рекомбинантен делта-омикронен вирус – той никога не е казал, че последователностите представляват смес от двете.

Въпреки това, 72 часа след като изследователите качиха последователностите, Кострикис ги премахна от обществения поглед в базата данни, в очакване на по-нататъшно разследване.

Повече от 7 милиона генома на SARS-CoV-2 са качени в офиса на GISAID във Вашингтон, окръг Колумбия, казва Шерил Бенет, служител в офиса на фондация GISAID във Вашингтон. GISAID База данни от януари 2020 г., някои грешки в сериализацията не трябва да са изненада.

„Въпреки това, бързането със заключения относно данни, които току-що са предоставени от лаборатории, които се оказват под голям времеви натиск да генерират данни своевременно, не помага на нито едно огнище“, казва тя.

Грешка в последователността?

Последователността „Делтакрон“ е генерирана от вирусни проби, които Кострикис и неговият екип получиха през декември като част от усилията да проследят разпространението на вариантите на SARS-CoV-2 в Кипър. Докато изследваха някои от техните последователности, изследователите забелязаха генетичен подпис, подобен на омикрон в гена за шиповия протеин, който помага на вируса да навлезе в клетките.

В писмо до темпераментна природа, Кострикис обяснява, че първоначалната му хипотеза е, че някои делта вирусни частици са развили независимо мутации на шипови гени, подобни на тези, често срещани в Omicron. Но след обширно отразяване на новините, други учени, работещи върху генетичното секвениране и COVID-19, посочиха друга възможност: лабораторна грешка.

Секвенирането на всеки геном се основава на праймери – къси сегменти от произведена ДНК, които служат като отправна точка за секвениране чрез свързване към целевата последователност.

Въпреки това делта има мутация в бодливия ген, която намалява способността на някои праймери да се свързват с него, което прави този регион на генома труден за секвениране. Omicron не споделя тази мутация, така че ако някакви частици Omicron се смесят в пробата поради замърсяване, секвенираният ген може да накара шипа да изглежда подобен на този на Omicron, казва Джеръми Камил, вирусолог в здравния университет на Луизиана, Шривпорт. .

Камел казва, че този вид замърсяване е „много често“.

Kostrikis възразява, че ако Deltacron е продукт на замърсяване, секвенирането трябва да доведе до последователност на Omicron с делта-подобни мутации, тъй като Omicron има мутация, разрушаваща праймера. Той добавя, че аргументът за замърсяването на лабораторията Deltacron е „представен от социалните медии, без да се разглеждат пълните ни данни и без да се предоставят реални солидни доказателства, че това не е реално“.

Развенчаване. бедствие

Въпреки това, други изследователи също изтъкват, че дори ако последователностите не са резултат от замърсяване, мутациите, идентифицирани от Kostrikis, не са изключителни за Omicron и се намират в други варианти, което прави обозначението „Делтакрон“ погрешно.

Томас Пийкок, вирусолог от Imperial College London, казва, че GISAID е пълен с последователности, които съдържат елементи на последователност, наблюдавани в други варианти. Той казва, че такива поредици са „заредени през цялото време“. „Но като цяло хората не трябва да се развенчават, защото няма много международна преса навсякъде.“

„Учените трябва да внимават много за това, което казват“, каза един вирусолог, който искаше да остане анонимен, за да избегне замесването в полемиката. темпераментна природа. „Когато кажем нещо, границите могат да бъдат затворени.“

Сега Кострикис казва, че е „в процес на разследване на всички критични мнения, изразени от изтъкнати учени от цял ​​свят относно последното ми съобщение“. Той казва, че планира да изпрати изследването за партньорска проверка.

Междувременно Камел и други изследователи се опасяват, че подобни инциденти могат да направят изследователите по-неохотни да споделят чувствителни към времето данни. „Трябва да позволите на научната общност да се коригира“, казва той. „И в случай на пандемия, трябва да улесните бързото споделяне на данни за вирусния геном, защото така намираме варианти.“