„Просто тъпи неща“: Логистиката и липсата на тестове попречиха на намирането на вариант на Omicron в САЩ

аслед южноафрикански учени предупреди света Миналата седмица, за новия вариант Omicron на SARS-CoV-2, изследователи тук в САЩ предупредиха, че силно мутиралият щам вече циркулира на американска земя. Беше само въпрос на време някой да го намери.

В четвъртък здравните служители съобщиха за втората инфекция с Omicron в страната на мъж от Минесота, който присъства на конференция за аниме в Ню Йорк дни преди да започнат симптомите. Трябва да се отбележи, че той не е пътувал в чужбина, за разлика от първи случай – жител на Калифорния, който наскоро се завърна от Южна Африка – Това показва, че е извършено локално предаване. Но времето на откритието мнозина се чудят: „Защо отне толкова време?“

Според подробности, публикувани от Министерството на здравеопазването на Минесота, мъжът, който се намира в окръг Хенепин, дом на Минеаполис, най-населеният град в щата, за първи път е развил симптоми на 22 ноември. На 24 ноември беше проведен тест за полимеразна верижна реакция (PCR). Новините за Omicron се появиха на 25 ноември. Здравните служители на Минесота не потвърдиха от данните за последователността, че инфекцията му се дължи на варианта на Omicron до седмица по-късно, вечерта на 1 декември.

Реклами

За разлика от тях, агенциите за обществено здравеопазване на Обединеното кралство откриха първите случаи на новия щам в тази страна по-малко от 48 часа след като Южна Африка алармира.

„Въпреки че увеличихме последователността през последните месеци, все още имаме проблем с вземането на проби“, каза Ерик Топол, основател и директор на Translational Institute Scripps Research в Ла Хола, Калифорния, който е част от SARS-CoV-2. Организирано от Центровете за контрол и превенция на заболяванията миналата година. САЩ тестват само една четвърт от това, което са в Обединеното кралство, и няма систематичен подход за тестване на пътници и хора с внезапни инфекции. Така че нещо ново и страшно едва ли ще падне върху тампона, да не говорим за секвенсера.

Реклами

Това поставя Съединените щати в голямо неизгодно положение, каза Топол. „Всичко се връща към една и съща тема от началото на тази епидемия“, каза той. „Нямаме единство в тази държава, имаме балканизация, ами всичко.

Празникът на благодарността може да е допринесъл за забавянето. Но това не е пълната история. Докато Съединените щати значително увеличиха общите си усилия за секвениране на SARS-CoV-2 през последната година, напредъкът беше неравномерен. Градските центрове в близост до големите академични центрове обикновено са добре покрити, докато селските райони са по-малко обхванати. Това означава, че отделите за обществено здравеопазване в голяма част от страната все още са слепи, дори когато откриват начини за приоритизиране на подозрителни проби на Omicron.

„Хората се опитват да положат съгласувани усилия за сортиране, доколкото е възможно, но ние не сме направили достатъчно като страна за увеличаване на капацитета за секвениране от началото на пандемията и ето ни, и това отново е проблем“, каза Лин Уормброд от Центъра за здраве и сигурност на Джон Хопкинс, която е съавтор доклад по-рано тази година, очертавайки как трябва да изглежда една ефективна национална програма за мониторинг.

Дори когато пациентът живее в голям град като случая на Минесота, логистичните предизвикателства могат да забавят процеса до пълзене. В този случай обикновено са необходими четири до седем дни, за да бъдат опаковани положителните проби и да бъдат изпратени до съоръжение, което може да извърши секвенирането, каза за STAT Дъг Шулц, говорител на Министерството на здравеопазването на Минесота. Последователността отнема още четири до пет дни. При всички фази на тестване това означава, че геномът, който излиза от секвенсера, обикновено е от проби, събрани преди 10 до 14 дни.

„Изградихме всяка възможна скорост за този процес“, каза Шулц. „Има определено време, необходимо за събиране, опаковане и транспортиране на изпечените проби.“

Минесота не е сама. Разбитият характер на здравеопазването в САЩ означава, че когато някой бъде сканиран за SARS-CoV-2 в болница или клиника, по-голямата част от тези проби отиват при един от големите частни доставчици на тестове като LabCorp и Quest. След това някои подгрупи от тези проби ще бъдат заделени за изпращане до окръжни или държавни лаборатории за обществено здравеопазване, които или секвенират свои собствени, или изпращат пробите до академични лаборатории или други партньори в индустрията, за да декодират вирусните геноми вътре.

„В един идеален свят бихме имали много по-силна здравна система, която би била по-интегрирана с нашите агенции за обществено здравеопазване, за да можем да правим тестове и секвениране в рамките на една и съща мрежа“, каза Вормброд.

Цялото това попълване на формуляри и изявления може да отнеме дни до седмици. Самата последователност може да бъде от 24 до 48 часа. Това е логистиката на транспортирането на проби около това истинско тесно място.

„Това наистина са просто глупави неща“, каза Ейми Матерс, асоцииран директор по клинична микробиология във Virginia Health, чийто лабораторен екип секвенира положителни проби от коронавирус във Вирджиния. В момента те получават до 300 проби седмично, доставяни в пратки веднъж или два пъти седмично чрез куриер от държавната лаборатория за обществено здраве в Ричмънд. И ако MoPH идентифицира някои подозрителни проби поради история на пътувания или данни за проследяване на контакти, те ще ги изместят в началото на линията.

„Ние сме много по-интегрирани в здравната система, отколкото бяхме преди пандемията“, каза Матерс. Но данните, които те извличат от секвенсора, не отразяват инфекциите в реално време. Обикновено показва какво е било циркулирано в щата преди 10 до 14 дни. В момента те пускат проби от средата на ноември.

„Опитахме и все още настояваме за система, при която хората могат да ни изпращат директно положителни проби“, каза Матерс. Но проблемът беше, че беше трудно да се намери начин да се регистрират в системата на общественото здравеопазване. Моделите бяха твърде объркващи за болници.

Екипът й все още не е намерил никакви случаи на варианта на Omicron, било то в тяхната база данни с последователности, или в каквито и да било нови проби, включително проби, взети от пътници и се втурнали към предната част на линията. Матерс каза, че нейната лаборатория секвенира всяка проба, която показва положителни резултати в нейния район.

По време на делта-лятната вълна на подем изоставането се разтегна още повече. И в крайна сметка цялото това секвениране не помогна, каза тя. През септември нейният екип подреди повече от 1000 проби. Всеки от тях имаше делта променлива. Но сега е по-важно от всякога да се подреди всеки последен флакон с вируса в щата. „С появата на тези нови варианти трябва да направим тежки проби, за да уловим единствения латентен Omicron“, каза тя. „Знам, че ако някой дойде в Шарлотсвил с Омикрон, ще го намерим. Но не навсякъде е същото.“

На пресконференция във вторник директорът на CDC Рошел Валински каза, че в момента Съединените щати подреждат около 80 000 проби на седмица, сред обществени, академични и частни здравни лаборатории. Но не е ясно какъв процент представлява действителните времеви прозорци на разпространение на вируса.

Това не е лесно достъпна информация, каза Кели Вроблоски, директор по инфекциозни заболявания на Асоциацията на лабораториите за обществено здраве, каза на STAT по имейл. Тя каза, че не изглежда да има спешен и координиран натиск от страна на всички играчи за ускоряване на нещата. „Разпространението на последователността във всички държави и много местни юрисдикции е от полза по този начин, защото приближава секвенирането до пациентите“, пише тя.

Докато не е налична по-широката географска последователност, учените могат да предприемат още една стъпка. Поради уникалната констелация на омикрон от мутации, той оставя издайнически модел с някои видове PCR анализ. Тези анализи търсят фрагменти от генома на вируса, включително S гена, който кодира неговия бодлив протеин. В някои анализи екстрактът от S ген на Omicron не се появява – феномен, наречен „изтичане на ген S“. Ако учените го видят, това е индикация, че вирусът вероятно не е от циркулиращия тип делта и може да е омикрон. Всъщност по този начин служителите в Калифорния и Минесота откриха нараняванията си.

В случая на индивида в Калифорния, след като той даде положителна проба на градски тестов обект (използвайки тест с полимеразна верижна реакция (PCR), който не улавя изтичането на S гена), неговата история на пътуване подтикна отговорните да изпратят пробата в лабораторията на Чарлз Чиу, изследовател от Калифорнийския университет, Сан Франциско. Франциско, където неговият екип тества за течове на гена S. В рамките на няколко часа те видяха сигнала и изразиха пробата към преносим генен секвенсер, който работи по-бързо от големите устройства, които обикновено се използват за масово секвениране. Той им даде потвърждение по-късно същата вечер.

Когато чуха за варианта на Omicron, служителите на Минесота се свързаха с един от партньорите си в клиничната лаборатория в Ню Джърси, чийто стандартен тест вече търси течове на гена S. Те откриха шепа проби със съмнителен модел и ги изпратиха в Минесота за секвениране. Пробите пристигнаха във вторник и на щатския екип бяха необходими по-малко от 48 часа, за да завърши генетичния анализ и да открие, че един от тях е новият вариант.

В четвъртък вечер служителите в Колорадо потвърдиха допълнителен случай на Omicron при лице, което наскоро се е завърнало от Южна Африка, а в Ню Йорк служителите потвърдиха пет случая, вероятно причинени от местно предаване. Учените очакват да научат повече през следващите дни и седмици. „Закъсняваме за партито Omicron, но те ще започнат да се появяват бързо“, каза Топол. Но без подобрения, тези открития ще дадат картина на разпространението на променливата в миналото – и непълна картина по това време – а не къде е днес.